Exista o serie de domenii de activitate care sunt excluse din Programul Kogalniceanu. Nu sunt eligibile IMM-urile care au desfasurat sau vor desfasura activitati in domeniile sau sectoarele:
a) intermedieri financiare si asigurari:
b) tranzactii imobiliare:
c) activitati de jocuri de noroc si pariuri;
d) productie sau comercializare de armament, munitii, explozibili, tutun, alcool, substante aflate sub control national, plante, substante si preparate stupefiante si psihotrope
Sunt excluse de la program si firmele pentru care nu se poate acorda ajutor de minimis, in conformitate cu prevederile europene, respectiv IMM-urile care activeaza un sectorul piscicol si acvacultura, in productia primara a produselor agricole sau desfasoara activitati de procesare si marketing a produselor agricole.
De asemenea, nu pot participa nici firmele care desfasoara activitati legate de export catre state terte sau state membre. Nu se pot acorda ajutoare din partea statului pentru sustinerea utilizarii produselor nationale in detrimentul celor importate, pentru operatorii care activeaza in sectorul carbonifer sau pentru achizitionatea vehiculelor de transport rutier de marfa, care au in obiectul de activitate transporturile.